Dans un article récemment publié dans la revue Médicaments en R&D, des scientifiques ont décrit le développement et la validation d’un inhibiteur peptidique de 13 acides aminés du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère SRAS-CoV-2. Les résultats révèlent que l’inhibiteur peptidique se lie avec une affinité élevée au domaine de liaison au récepteur de pointe RBD du SRAS-CoV-2 au site de liaison de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 ACE2 et empêche l’interaction RBD – ACE2. ContexteÉtudier le designValidation structurale de l’inhibiteur peptidiqueValidation fonctionnelle de l’inhibiteur peptidiqueImportance de l’étude Contexte La première étape de l’entrée du SRAS-CoV-2 dans les cellules hôtes est l’interaction entre le pic viral RBD et le récepteur ACE2 de la cellule hôte. Ceci est suivi par le clivage protéolytique et l’activation de la protéine de pointe par la protéase de la cellule hôte TMPRSS2 et la fusion subséquente de l’enveloppe virale avec la membrane de la cellule hôte. Ainsi, les petites molécules ou inhibiteurs peptidiques capables de bloquer l’interaction RBD – ACE2 devraient jouer un rôle essentiel dans la prévention de l’entrée du SRAS-CoV-2 dans les cellules hôtes et le contrôle de l’infection à un stade précoce. Plusieurs approches ont été envisagées pour bloquer l’interaction RBD-ACE2, y compris l’ACE2 soluble, les anticorps dérivés du plasma de convalescent, les vaccins spécifiques à l’épitope, les médicaments antiviraux réutilisés et les inhibiteurs peptidiques. Par rapport aux interventions basées sur les petites molécules et les protéines, les peptides présentent plusieurs avantages, notamment une compatibilité structurelle élevée avec les protéines cibles et le blocage spécifique des interactions protéine-protéine. Dans la présente étude, les scientifiques ont développé un nouvel inhibiteur peptidique du SRAS-CoV-2 à l’aide d’outils de biologie computationnelle. Étudier le design En utilisant in silico approches, les scientifiques ont conçu et développé un inhibiteur peptidique de 13 acides aminés contre le pic RBD du SRAS-CoV-2 et confirmé sa spécificité de liaison pour le pic RBD à l’aide de modèles d’amarrage moléculaire. Pour déterminer la stabilité du complexe peptide – pointe RBD, ils ont effectué une simulation de dynamique moléculaire. De plus, ils ont déterminé les propriétés physicochimiques et pharmacocinétiques absorption, distribution, métabolisme, excrétion et toxicité du peptide à l’aide d’outils Web. Pour valider la fonctionnalité du peptide dans in vitro installations, ils ont effectué un dosage immuno-enzymatique ELISA qui détermine le pourcentage de liaison RBD – ACE2 de pointe en présence du peptide. Validation structurale de l’inhibiteur peptidique Les résultats des expériences d’amarrage peptide-protéine ont révélé que le peptide se lie au pic RBD spécifiquement au niveau de la même poche où l’ACE2 se lie. Trois résidus K417, Y489 et Q493 du pic RBD qui se lient à ACE2, se sont avérés interagir avec le peptide. De plus, les résultats de la simulation de la dynamique moléculaire ne révèlent aucune altération significative de l’interface de liaison ACE2 du pic RBD et aucune fluctuation de l’interface de liaison protéine-peptide. Ces résultats indiquent que le peptide forme un complexe stable avec le pic RBD pour bloquer efficacement l’interaction RBD – ACE2. En ce qui concerne les propriétés physico-chimiques, les résultats ont révélé que le peptide est stable et soluble dans l’eau avec une demi-vie estimée à 1,1 heure. De plus, les résultats ont révélé que le peptide n’est pas perméable à la barrière hémato-encéphalique et n’a pas de toxicité cutanée ou de cancérogénicité. Validation fonctionnelle de l’inhibiteur peptidique Les résultats du test de criblage basé sur ELISA – inhibiteur de l’ACE2 ont révélé que le peptide inhibe de manière significative l’interaction RBD – ACE2 de la pointe d’une manière dépendante de la concentration. Spécifiquement, à une concentration de 100 uM, le peptide a inhibé l’interaction de plus de 40 %. Importance de l’étude Dans cette étude, un inhibiteur peptidique de 13 acides aminés du SRAS-CoV-2 a été développé, qui se lie avec affinité à l’interface de liaison RBD – ACE2 et inhibe efficacement l’interaction RBD – ACE2. Le peptide possède plusieurs avantages, notamment une fabrication facile et peu coûteuse, une faible toxicité, une bonne solubilité et stabilité, une spécificité et une sélectivité élevées pour la cible et une demi-vie considérable. Dans l’ensemble, l’étude souligne l’importance des outils informatiques dans la conception et le développement d’inhibiteurs peptidiques qui peuvent être potentiellement utilisés comme thérapeutiques pour prévenir l’infection par le SRAS-CoV-2 à un stade précoce.
Desrésultats préliminaires obtenus plus récemment encore sur les mêmes sites montrent une réduction très significative de la charge virale dans les eaux usées, une conséquence attendue des mesures de confinement sur la circulation du virus. Ces résultats nous incitent aujourd’hui à proposer une surveillance régulière des eaux usées. français arabe allemand anglais espagnol français hébreu italien japonais néerlandais polonais portugais roumain russe suédois turc ukrainien chinois anglais Synonymes arabe allemand anglais espagnol français hébreu italien japonais néerlandais polonais portugais roumain russe suédois turc ukrainien chinois ukrainien Ces exemples peuvent contenir des mots vulgaires liés à votre recherche Ces exemples peuvent contenir des mots familiers liés à votre recherche L'élimination de l'abacavir se fait par métabolisme hépatique suivie d'une excrétion des métabolites préférentiellement dans les urines. Elimination of abacavir is via hepatic metabolism with subsequent excretion of metabolites primarily in the urine. Les données physico-chimiques suggèrent une excrétion du ranélate de strontium dans le lait maternel. Physico-chemical data suggest excretion of Strontium ranelate in human milk. On trouve également une excrétion lipidique accrue. Increased lipid excretion is also found. Action très courte en raison d'un métabolisme et d'une excrétion rapides. Very short acting due to rapid metabolism and excretion. Métabolisme La glucuronidation constitue la voie métabolique principale du déférasirox, suivie d'une excrétion biliaire. Glucuronidation is the main metabolic pathway for deferasirox, with subsequent biliary excretion. Plusieurs maladies non liées aux porphyries peuvent provoquer une excrétion urinaire accrue de porphyrines; ce phénomène est désigné comme une porphyrinurie secondaire. Several diseases unrelated to porphyrias may involve increased urinary excretion of porphyrins; this phenomenon is described as secondary porphyrinuria. Le praziquantel subit le métabolisme hépatique suivi d'une excrétion rénale. Praziquantel undergoes hepatic metabolism followed by renal excretion. La glucuronidation constitue la voie métabolique principale du déférasirox, suivie d'une excrétion biliaire. Glucuronidation is the main metabolic pathway for deferasirox, with subsequent biliary excretion. Des études conduites chez l'animal ont montré une excrétion du bromfénac dans le lait de rates après des doses orales très élevées voir rubrique Animal studies have shown excretion of bromfenac in the milk of rats following very high oral doses see section Ceci est dû à l'accumulation de sel dans le corps et à une excrétion de fluide altérée. This is due to the accumulation of salt in the body and impaired fluid excretion. Les nourrissons qui consommaient la préparation contenant 3,1 µg/100 kcal de sélénium présentaient aussi une excrétion urinaire de sélénium notablement plus élevée. Infants consuming the formula containing mcg/100 kcal of selenium also had significantly higher urinary excretion of selenium. L'hyperthyroïdie a été accompagnée de réductions significatives de 5HT, alors qu'une excrétion urinaire de norépinéphrine s'est produite parallèlement à celles-ci. Hyperthyroidism was accompanied by significant reductions in 5HT, while urinary norepinephrine excretion paralleled 5HT. Quand la valine était en excès, sa désamination a conduit à une excrétion élevée d'ammonium et à une importante baisse de production de spiramycine. When valine was in excess, its deamination led to high ammonium excretion and to a significant drop in spiramycin production. Une absorption et une excrétion très rapides ont été observées après des doses uniques ou répétées. Absorption and excretion of single or repeated oral doses of topramezone was very rapid. l'appareil pour mesurer une excrétion urinaire quotidienne comprend an apparatus for measuring daily urinary excretion comprising "La consommation de protéine animale est fortement corrélée avec une excrétion rénale acide." Sellmeyer, D. E. et al. Am. Dietary animal protein intake is highly correlated with renal net acid excretion Sellmeyer, D. E. et al. Le sodium, qui est abusif dans les régimes alimentaires en Amérique du Nord, mène à une excrétion additionnelle de calcium. Sodium which is excessive in North American diets leads to further calcium excretion. En outre, Oxandrolone fournit aux athlètes une endurance améliorée, une excrétion musculaire et de graisse haute définition pour leurs performances primées. Moreover, Oxandrolone provides improved stamina, high definition muscle and fat excretion to athletes for their award winning performance. Il n'y a aucune preuve d'une excrétion biliaire du tafamidis chez l'homme. There is no explicit evidence of biliary excretion of tafamidis in humans. Le cycle entéro- hépatique pourrait être une explication puisqu'une excrétion biliaire importante a été observée chez le rat. Enterohepatic recirculation may be an explanation as extensive biliary excretion was seen in the rat. Aucun résultat pour cette recherche. Résultats 174. Exacts 174. Temps écoulé 186 ms. Documents Solutions entreprise Conjugaison Synonymes Correcteur Aide & A propos de Reverso Mots fréquents 1-300, 301-600, 601-900Expressions courtes fréquentes 1-400, 401-800, 801-1200Expressions longues fréquentes 1-400, 401-800, 801-1200 SourceLe Monde, Marc Gozlan Les médecins prenant en charge les patients infectés par le coronavirus SARS-CoV-2 ne cessent chaque jour d'en apprendre davantage sur le Covid-19. Récemment, ils ont constaté que certains patients infectés présentent, parfois avant tout autre signe clinique, une anosmie (perte de l'odorat), souvent associée à une agueusie (perte duForum Futura-Sciences les forums de la science INFOS Covid-19, SARS-CoV2 actualités et discussions Covid-19 discussion générale Discussion fermée Affichage des résultats 1 321 à 1 350 sur 4131 26/03/2020, 17h00 1321 Re Covid-19 Question sur les ordres de grandeur en jeu - Envoyé par JPL Je n’exprime simplement qu’un avis strictement personnel qui est que le style de la plupart de tes messages ces temps-ci me lasse et me hérisse quelque peu le poil. Et je te rappelle la charte du forum Ok j'ai parfois du mal à faire le distingo quand c'est effectivement toujours visible sur la gauche. - 26/03/2020, 17h15 1322 Re Covid-19 ; discussion générale Là cela risque d'être très problématique si l'épidémie évolue de la même façon qu'en métropole, ils ne peuvent pas déplacer les personnes atteintes vers d'autres hôpitaux comme chez nous. 26/03/2020, 17h18 1323 JPL Responsable des forums Re Covid-19 Question sur les ordres de grandeur en jeu Envoyé par arbanais83 Ok j'ai parfois du mal à faire le distingo quand c'est effectivement toujours visible sur la gauche. Oui, mais ça ce n’est hélas pas paramétrable. Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac 26/03/2020, 17h33 1324 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par minushabens les gens qui excrètent du virus doivent être déjà bien chargés, donc j'ai l'impression que ça doit être négligeable. Ce qui est plus problématique est la surinfection parce que quand des souches différentes circulent chez un même individu il y a toujours un risque de recombinaison avec des effets imprévisibles. Cela dit j'ai vu une étude qui montre qu'il y a souvent plusieurs souches chez un même individu mais pas de recombinaison et qu'une seule au plus est transmise mais sur un petit échantillon. La question que je me pose avec le temps pour renouveler son FFP2 est liée au fait que j'ai lu que l’excrétion était intense en début de contamination, ce qui est excrété ne réinfecte pas et ralenti l'intensité de lutte de l'organisme, j'espère que quelqu'un comprends cette hypothèse de process un peu compliquée. La conséquence est que les 4 heures prescrites le sont dans une homologation hors COVID19 j'ai l'impression la crainte que le FFPP2 a potentiellement une capacité toxique en début d'infection du coup. Les Retex le diront peut-être en attendant les soignants tombent.. 26/03/2020, 17h41 1325 Re Covid-19 Question sur les ordres de grandeur en jeu Envoyé par JPL Oui, mais ça ce n’est hélas pas paramétrable. Je ne te le reproche pas, je n'ai juste pas pas attention, je serai plus vigilent la prochaine fois. 26/03/2020, 17h43 1326 Re Covid-19 ; discussion générale Si ce fait est avéré, cela est presque concomitant du départ de l'épidémie en Chine. Pas étonnant qu'ils n'aient pas réussi à retrouver leur patient 0 Dernière modification par arbanais83 ; 26/03/2020 à 17h46. 26/03/2020, 18h01 1327 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par arbanais83 Finalement le pangolin serait italien ? C'est Trump qui va avoir l'air malin avec son "virus chinois" 26/03/2020, 20h01 1328 Re Covid-19 ; discussion générale Bonsoir, Parce que la grippe ne fait pas une croissance exponentielle avec comme potentiel 500 000 morts. Pourriez-vous me donner des ref d'articles scientifiques modélisant les épidémies de grippe saisonnière en France pour les cinq dernières années ? Moi de mon côté j'ai ça Et puis ça Epidémie grippe Extrait du bulletin Eurosurveillance Vol 7, n°12 de dec 2002 c'est une pûblication de l'InVS Si c'est pas un début exponentiel en 95-96, alors qu'est-ce que c'est ?... Et puis ça aussi Hospi H1N1 et puis ça H1N1 2009 confirmé Extrait du BEH n°93 du 20 avril 2010 de l'InVS. On voit très bien que ça progresse beaucoup moins vite que le SRAS-CoV-2, on le voit parfaitement Donc merci de bien vouloir sourcer le fait que les épidémies de grippe saisonnières n'ont pas une progression exponentielle à leur début. 26/03/2020, 20h10 1329 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par AlephKhobol Donc merci de bien vouloir sourcer le fait que les épidémies de grippe saisonnières n'ont pas une progression exponentielle à leur début. Bravo, tu es le 2ème à oublier la 2nde partie de la phrase "avec un potentiel de 500 000 morts". On va faire simple dans tes affirmations, tu comparais les chiffres à l'instant actuel. Donc le haut de l'épidémie de la grippe, quand il n'y a plus de croissance avec le base de l'épidémie de Covid-19, quand elle est encore exponentielle et donc avec un potentiel de morts beaucoup plus grand. D'où la remarque. Comme on a déjà répondu 100 fois à ce genre de remarques dignes de Raoult sur YouTube, je ne savais pas si tu n'avais pas compris le concept d'exponentielle Covid-19 actuellement ou celui de "nombre de morts potentiels". Visiblement, aucun des 2 donc j'ai eu raison de couvrir large. 26/03/2020, 20h30 1330 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par pm42 dignes de Raoult sur YouTube... Je me demande pourquoi, sur ce forum qui est censé être pro-science on accepte des dénigrements gratuits, de savants faisant figure d'autorité dans leurs domaines. Et ne me parlait de liberté d'expression... 26/03/2020, 21h22 1331 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par yves95210 Finalement le pangolin serait italien ? C'est Trump qui va avoir l'air malin avec son "virus chinois" Mais si ce truc est "né" en Italie, quel serait le réservoir ?? Une chauve-souris, comme ce qui est suspecté à la base ? "Cette signature est le résultat d'une expérience ratée sur un bretzel" 26/03/2020, 21h41 1332 Re Covid-19 ; discussion générale On va faire simple dans tes affirmations, tu comparais les chiffres à l'instant actuel. Donc le haut de l'épidémie de la grippe, quand il n'y a plus de croissance avec le base de l'épidémie de Covid-19, quand elle est encore exponentielle et donc avec un potentiel de morts beaucoup plus grand. Ah bon ? Je vous invite à lire attentivement les références que j'ai mises en particulier le BEH n°93 du 20 avril 2010, vous constaterez que l'histogramme des décès que j'ai mis en PJ et qui est tiré de ce document couvre l'ensemble de l'épidémie, avec une croissance plus qu'exponentielle au début. Je vous invite également à bien regarder les courbes publiées dans le bulletin Eurosurveillance, vous verrez qu'elles couvrent justement le début de l'épidémie, avec une forme tout à fait caractéristique dite de "courbe logistique". D'où sortez vous l'évaluation de morts ??? Pouvez-vous me sourcer cette évaluation ? D'avance merci. AK 26/03/2020, 21h50 1333 JPL Responsable des forums Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par AlephKhobol Donc merci de bien vouloir sourcer le fait que les épidémies de grippe saisonnières n'ont pas une progression exponentielle à leur début. J’ai dit aujourd’hui dans une autre discussion que la différence réside dans le fait que si les débuts des épidémies de grippe sont probablement exponentiels, ce dont on est sûr c’est que ces épidémies s’arrêtent spontanément, tandis que dans le cas présent on n’a absolument aucune certitude que ce sera le cas et le fait que cette épidémie se propage dans des pays chauds laisse clairement penser que le retour des beaux jours n’aura pas le même effet que pour la grippe. Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac 26/03/2020, 22h21 1334 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par AlephKhobol avec une croissance plus qu'exponentielle au début. Pour le déterminer sur le nombre de points qu'on a, il faut le faire. C'est l'équivalent de "un échantillon de 20 personnes est plus significatif que 10000" je suppose. Envoyé par AlephKhobol D'où sortez vous l'évaluation de morts ??? Pouvez-vous me sourcer cette évaluation ? D'avance merci. Facile cela a été publié partout. C'est l'évaluation pour le Royaume-Uni, exactement le même nombre d'habitants et un peu moins de personnes agées que la France. 26/03/2020, 22h58 1335 Re Covid-19 ; discussion générale des épidémies de grippe sont probablement exponentiels, ce dont on est sûr c’est que ces épidémies s’arrêtent spontanément, tandis que dans le cas présent on n’a absolument aucune certitude que ce sera le cas Ce qui signifie, si je comprends bien, qu'il existeraient des épidémies qui ne s'arrêtent que grâce à l'action de l'Homme. Cette proposition est un peu étonnante car cela suppose qu'on ait pu comparer des épidémies identiques type d'agent infectieux, souche, environnement, saison, etc. avec et sans action de l'Homme, et qu'ainsi on ait pu dire "avec action de l'Homme ça s'arrête, sans action ça ne s'arrête pas". Avez-vous des exemples ? 26/03/2020, 23h08 1336 JPL Responsable des forums Re Covid-19 ; discussion générale Il est exact que la grippe est un type d’épidémie qui s’arrête toute seule, pour reprendre l’année d’après avec des souches de virus plus ou moins différentes. À l’opposé des épidémies de maladies comme la rougeole ou la poliomyélite ne s’arrêtent pas toutes seules, raison pour laquelle l’hostilité aux vaccins manifestée par trop de gens est criminelle et produit de ravages qui restent contenus par l'immunité du reste de la population et des mesures médicales pour les contenir. Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac 27/03/2020, 00h00 1337 JPL Responsable des forums Re Covid-19 Question sur les ordres de grandeur en jeu Au prochain message de polémique personnelle je distribue des cartons. Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac 27/03/2020, 05h29 1338 Re Covid-19 ; discussion générale Pour la comparaison avec la grippe saisonnière, je viens de voir ça qui y était déjà depuis pas mal de temps sur un des sites que j'utilise pour suivre la progression Je le trouve très bien et on peut modifier les graphiques, télécharger les données brutes, etc. 27/03/2020, 06h29 1339 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par Yaourt à la viande Mais si ce truc est "né" en Italie, quel serait le réservoir ?? Une chauve-souris, comme ce qui est suspecté à la base ? Je plaisantais ! Plus sérieusement les Chinois font maintenant remonter l'origine de l'épidémie au moins à novembre. Sauf qu'à l'époque l'existence de ce nouveau coronavirus était inconnue, et évidemment aucune mesure n'était prise pour éviter sa transmission, que ce soit localement ou par des voyageurs. Il est donc possible qu'il y ait eu des cas dès novembre ou décembre un peu partout dans le monde, passés inaperçus asymptomatiques ou symptômes bénins ou pneumonies à l'origine mal identifiée, éventuellement attribués à la grippe puisque c'était la saison. 27/03/2020, 06h34 1340 Re Covid-19 ; discussion générale Pourquoi Santé Publique France n'a toujours pas publié le point hebdomadaire de mortalité pour la semaine 11 ? Cela aurait dû être fait ce mercredi. Certaines données sont-elles plus compliquées à obtenir dans les circonstances actuelles ? 27/03/2020, 06h54 1341 Re Covid-19 ; discussion générale Un graphique que je trouve intéressant sur Ourworldindata le nombre de décès en fonction du nombre de cas déclaré. Il semble y avoir un "plancher " à 0,25 % , suivi longtemps par l'Allemagne, mais elle est montée à 0,5 % récemment, et par d'autres pays qui ont une politique de tests intense. Si on admet un taux d'immunité de 60 % pour protéger la population, soit environ 40 millions de personnes immunisées en France, ça donnerait donc un minimum de 100 000 décès à accepter. Il faut néanmoins considérer qu'en période de croissance exponentielle, un rapport comme celui-ci est sensible au temps qu'il faut pour diagnostiquer un cas ou un décès , ce qui revient à un facteur de biais de expk t. Il faut donc estimer le délai moyen entre le temps de diagnostic, et le temps de décès. Si c'est de l'ordre de 1 semaine, avec un temps de doublement de 3 à 4 jours, on est à un facteur 4. Si les systèmes de soin sont débordés, on peut aussi avoir un nouveau facteur de plusieurs unités. Le risque en France est donc bien de plusieurs centaines, voire un million de morts si les mesures prises n'étaient pas efficaces pour bloquer la croissance de l'épidémie. A moins que des médicaments miracles fassent chuter le taux de létalité bien sûr ... Le plus dur n'est pas de piger les raisonnements compliqués, mais d'accepter les simples. 27/03/2020, 07h13 1342 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par yves95210 Plus sérieusement les Chinois font maintenant remonter l'origine de l'épidémie au moins à novembre. Sauf qu'à l'époque l'existence de ce nouveau coronavirus était inconnue, et évidemment aucune mesure n'était prise pour éviter sa transmission, que ce soit localement ou par des voyageurs. Il est donc possible qu'il y ait eu des cas dès novembre ou décembre un peu partout dans le monde, passés inaperçus asymptomatiques ou symptômes bénins ou pneumonies à l'origine mal identifiée, éventuellement attribués à la grippe puisque c'était la saison. Dans les rares endroits où des tests ont été pratiqués en masse y compris sur des sujets ne présentant pas de symptômes Islande, ville de Vo en Italie après sa mise en quarantaine, il est apparu que plus de la moitié des porteurs du virus étaient asymptomatiques. Hypothèse testée à l'aide du simulateur. J'ai conservé les valeurs par défaut des paramètres, sauf d'une part le taux d'hospitalisation, d'autre part le taux de létalité. Pour le taux d'hospitalisation j'ai pris 7,5%, en supposant que, conformément aux stats chinoises, les cas graves représentent environ 15% des patients présentant des symptômes, qui eux même ne représentent que 50% des porteurs du virus contaminés à la même date. Pour le taux de létalité, j'ai pris 0,7%, autrement dit près de 10% des cas graves. Avec ces paramètres, pour la population française 67 millions, on obtient un nombre cumulé de cas ayant donné lieu à hospitalisation égal à 6700, 50 jours après le premier décès et 100 jours après le début de l'épidémie. Ce nombre est à peu près égal à celui des cas confirmés jusqu'au 16 mars. Cela ferait remonter le premier décès à fin janvier, et le début de l'épidémie à début décembre. Et il y aurait déjà eu près de 40 décès et d'un millier de cas graves, non attribués au coronavirus, avant le 1er mars. Bien sûr ce n'est qu'une simulation, à prendre avec des pincettes. Mais elle montre que les données dont on dispose en France sont compatibles avec une présence du virus depuis début décembre. Et en Italie au moins une semaine plus tôt. Intéressant, non ? 27/03/2020, 07h17 1343 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par Archi3 Si on admet un taux d'immunité de 60 % pour protéger la population, soit environ 40 millions de personnes immunisées en France, ça donnerait donc un minimum de 100 000 décès à accepter. C'est l'ordre de grandeur mais l'étude que j'ai posté plus haut en anglais de l'Imperial College fait référence et c'est elle qui a fait changer d'avis certains gouvernements dont celui de Boris Johnson. Un des conseillers du gouvernement anglais évaluait récemment un minimum à 25000 "si tout va bien" et si on ne fait rien, ce serait plutôt du 500 000 comme déjà dit. Envoyé par Archi3 Le risque en France est donc bien de plusieurs centaines, voire un million de morts si les mesures prises n'étaient pas efficaces pour bloquer la croissance de l'épidémie J'ai un peu de mal à voir comment on arriverait à des millions. A titre indicatif, bien avant qu'on ait des systèmes sanitaires, des moyens de communication instantanés et même des journaux, les populations se confinaient spontanément et isolaient les malades avec une efficacité plus ou moins grande compte tenu de la non compréhension des mécanismes de propagation. Donc "ne rien faire" s'arrêterait de lui même si la mortalité devenait énorme. 27/03/2020, 07h19 1344 Re Covid-19 ; discussion générale Bonjour, Les médecins de la Pitié-Salpêtrière persistent et signent. Hier, un autre a publiquement annoncé que la chloroquine n'était vraisemblablement pas le remède miracle. Dernière modification par mh34 ; 27/03/2020 à 07h32. Motif voir explication message vert plus bas 27/03/2020, 07h27 1345 Re Covid-19 ; discussion générale Certaines données sont-elles plus compliquées à obtenir dans les circonstances actuelles ? Si on croit certains, seuls les chiffres chinois, iraniens et russes sont faux. Les chinois ont trouvé les cas de novembre grâce à des prélèvements conservés, aujourd'hui ils cherchent les liens entre ces disparus et le marché au poisson de Wuhan, considéré point zéro pour l'instant, mais comme ils y ont trouvé par hasard une famille réfugiée là depuis un mois et non contaminée, ça complique le schéma simpliste initial. Dans les villages gaulois, ils ne sont jamais tous d'accord. Jules César 27/03/2020, 07h27 1346 Re Covid-19 ; discussion générale PS avec les mêmes paramètres, en tenant compte de la date de l'"intervention" visant à réduire le R0 = le confinement à partir du 17/3 en France, et avec un R0 après intervention d'environ 0,6, on obtient un pic de 28000 patients hospitalisés vers le 10 avril. Pic qui ressemble d'ailleurs plus à un plateau, avec plus de 25000 hospitalisés de début avril jusqu'à presque fin avril. 27/03/2020, 07h30 1347 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par pm42 J'ai un peu de mal à voir comment on arriverait à des millions. A titre indicatif, bien avant qu'on ait des systèmes sanitaires, des moyens de communication instantanés et même des journaux, les populations se confinaient spontanément et isolaient les malades avec une efficacité plus ou moins grande compte tenu de la non compréhension des mécanismes de propagation. Donc "ne rien faire" s'arrêterait de lui même si la mortalité devenait énorme. Rapidité, fréquence et amplitude des mouvements de population dans l'activité économique sont certainement les paramètres a considérer. Ne serait-ce déjà que ce qui touche à l'approvisionnement alimentaire. 27/03/2020, 07h31 1348 mh34 Responsable des forums Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par Bonjour, Les médecins de la Pitié-Salpêtrière persistent et signent. Hier, un autre a publiquement annoncé que la chloroquine n'était vraisemblablement pas le remède miracle. Quelle est la motivation de Raoult ? Apparemment, c'est un gars brillant, il est considéré comme une grosse pointure de son domaine… Est-ce qu'il n'a pas plus à perdre qu'à gagner dans une bagarre qui risque de tourner court ? Qu'aurait-il à gagner en publiant une étude qui semble bidon ? Le corps médical d'une part, mais aussi l'opinion publique, ne vont-ils pas finir par lui demander des comptes ? ON va éviter de donner ce tour à ce sujet SVP...autrement dit merci de rester factuel J'ai laissé volontairement la citation pour expliciter la raison de l'intervention de modération mais toute tentative de réponse sera supprimée Dernière modification par mh34 ; 27/03/2020 à 07h33. 27/03/2020, 07h36 1349 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par Archi3 Il faut néanmoins considérer qu'en période de croissance exponentielle, un rapport comme celui-ci est sensible au temps qu'il faut pour diagnostiquer un cas ou un décès , ce qui revient à un facteur de biais de expk t. Il faut donc estimer le délai moyen entre le temps de diagnostic, et le temps de décès. Si c'est de l'ordre de 1 semaine, Selon le même site, le décès intervient entre 2 et 8 semaines après l'apparition des premiers symptômes. Donc disons entre 1 et 7 semaines après le diagnostic en comptant 1 semaine pour l'aggravation des symptômes, la prise en charge par l'hôpital, le test et la remontée de son résultat. Mais évidemment ça sera plutôt vers le bas de la fourchette si les hôpitaux sont saturés. 27/03/2020, 07h44 1350 Re Covid-19 ; discussion générale Envoyé par Bonjour, Les médecins de la Pitié-Salpêtrière persistent et signent. Hier, un autre a publiquement annoncé que la chloroquine n'était vraisemblablement pas le remède miracle, J'ai décidé de ne plus m'occuper de cette bataille d'experts, ça devient ridicule et inintéressant, d'autant plus que la grosse majorité des intervenants ici, dont toi et moi, n'ont aucune formation permettant un jugement de valeurs. Mais une autre bataille semble s'engager, à un autre niveau. J'entends de plus en plus de commentaires de médecins qui semblent remettre en cause les avis provenant de Chine. Les météorites ne peuvent exister car il n'y a pas de pierres dans le ciel. Lavoisier. Sur le même sujet Discussions similaires Réponses 1902 Dernier message 05/04/2020, 00h28 Fuseau horaire GMT +1. Il est actuellement 08h00.
Demême, des indices identiques à ceux observés dans la NTA sont produits en cas d'IRA fonctionnelle associée à une diminution de la réabsorption tubulaire du sodium, en rapport avec l'utilisation des diurétiques ou avec une bicarbonaturie, une glycosurie, un déficit en minéralocorticoïdes ou une néphropathie avec perte de sel. 89 Enfin, bien que la fraction
RésuméL’exploration biologique médicale est passée récemment d’une approche ponctuelle détermination d’un ou de quelques paramètres à une approche globale c’est-à-dire la prise en compte simultanée de l’ensemble du génome ou de ses différents niveaux d’expression ; ces explorations à grande échelle sont qualifiés alors de Génomique », de Transcriptomique », de Protéomique »…Ce rapport traite de quatre méthodes analytiques globales spectrométrie de masse, résonance magné- tique nucléaire, séquençage de l’ADN et puces à ADN et aborde ensuite à titre d’exemples quatre chapitres de l’oncologie, domaine où les retombées attendues sont sans doute les plus prometteuses. Les applications de la résonance magnétique nucléaire restent limitées à la biologie fondamentale en particulier structurale ; en biologie médicale cette technique se heurte en effet à deux inconvénients sa faible sensibilité et ses durées d’analyse relativement longues. Avec l’évolution des appareillages et de leur support informatique, la spectrométrie de masse est en pleine expansion dans les laboratoires hospitaliers ; ses applications sont multiples analyse de stérols, stéroïdes, acides biliaires, prostaglandines, glyco et sphingolipides…. ; détermination de SNPs et de mutations, génotypages à haut débit, diagnostic rapide d’infections bactériennes, dépistage et diagnostic de maladies héréditaires, analyses toxicologiques etc. Les puces oligonucléotides atteignent une densité de 2 500 000 SNPs, elles sont utilisées dans les études GWAS Genome Wide Association Studies » menées dans le but d’identifier les facteurs génétiques en cause dans les maladies communes dites multifactorielles, mais les résultats de ces études sont pour le moment relativement décevants. La technologie de CGH array » utilisant des puces à grands fragments d’ADN BAC ou PAC a conduit à la notion de variations à grande échelle du génome ou CNV Copy Number Variants », impliquant environ 4,8 % du génome et dont les anomalies sont en cause dans différentes situations pathologiques héréditaires ou non. L’évolution la plus importante concerne le séquençage de l’ADN les nouvelles technologies à haut débit laissent penser que dans un avenir proche le séquençage d’un génome individuel sera possible en quelques heures et pour un coût de revient modique ; leurs performances sont en particulier utilisées aujourd’hui pour l’identification des gènes en cause dans les maladies héréditaires très rares et pour la caractérisation des anomalies génomiques des leucémies et des tumeurs. Dans ce dernier cas, différents programmes internationaux ont pour objectifs d’améliorer les classifications histologiques, d’identifier les gènes critiques », de définir des critères moléculaires de pronostic et de traitements ciblés, dont l’un des exemples est l’inhibiteur sélectif PLX4032 du gène BRAF muté V600E dans la moitié des cas de mélanome. SummaryMedical biology is rapidly evolving from the study of one or several individual analytes to a more global approach in which the genome and its expression are taken into account as a whole, by means of genomic, transcriptomic or proteomic methods. This report focuses on four such analytical methods mass spectrometry, nuclear magnetic resonance, DNA sequencing, and DNA chips and four aspects of oncology, the field in which these methods offers most promise. Nuclear magnetic resonance is restricted to applications in fundamental biology, and particularly structural studies, being relatively slow and poorly sensitive. With new devices and greater computing power, mass spectrometry is finding increasing uses in hospital laboratories, for the analysis of sterols, steroids, bile acids, prostaglandins, glycoand sphingolipids, etc., detection of SNPs and mutations, high-throughput genotyping, rapid diagnosis of bacterial infections, screening and diagnosis of hereditary diseases, toxicology, etc. Oligonucleotide microarrays, some now reaching a density of 2 500 000 SNPs, are used for genome-wide association studies GWAS to identify genetic factors underlying common multifactorial diseases, although the results have so far provened rather disappointing. Results obtained with CGH arrays, using chips bearing large DNA fragments BAC or PAC, have revealed large scale genomic variations, or copy number variants, involving some % of the genome and being implicated in a variety of hereditary and non hereditary disorders. The most impressive developments concern DNA sequencing new highthroughput technologies will be able to sequence the entire genome in a few hours at near-negligible cost ; they are currently used to identify culprit genes in very rare diseases and to characterize genetic anomalies in leukemia and solid tumors. Several international programs are seeking to improve histological classifications, to identify critical ’’ genes, to identify molecular prognostic indicators and to develop targeted treatments. One example is a selective inhibitor PLX4032 of the BRAF gene, which is mutated V600E in about 50 % of melanomas. L’analyse biologique dans le domaine expérimental et dans ses applications médicales est passée récemment d’une approche ponctuelle limitée à la détermination d’un ou d’un petit nombre de paramètres, à une approche globale c’est-à-dire à la prise en compte simultanée de l’ensemble du génome ou de ses différents niveaux d’expression. Cette évolution technique a vu l’apparition d’un nouveau vocabulaire qualifié globalement d’ omique » à la génomique », éventuellement limitée à l’ exomique » c’est-à-dire à la seule étude des séquences codantes et des séquences immédiatement environnantes, sont venues s’ajouter la transcriptomique » analyse des ARN messagers ou transcriptome, la protéomique » analyse des protéines, la métabolomique analyse des métabolites du métabolisme intermédiaire »…..Cette évolution est le résultat d’une augmentation considérable et rapide des performances de la technologie analytique, elle-même largement sous-tendue par les progrès de l’informatique ; elle permet aujourd’hui des analyses non seulement globales mais aussi très rapides, qualifiées de haut débit » ; elle devrait également conduire à une profonde révision des concepts médicaux, en particulier nosologiques et diagnostiques, ainsi qu’à une amélioration importante des outils pharmacologiques. Ce rapport a pour objet de dresser un état, certes partiel, de cette évolution scientifique en traitant de quatre méthodes analytiques globales » la spectrométrie de masse, la résonance magnétique nucléaire, le séquençage de l’ADN et les puces ADN, et en abordant ensuite quatre chapitres de l’oncologie, domaine médical ou les retombées pratiques, en particulier thérapeutiques, sont sans doute les plus prometteuses. Spectrométrie de masse Le principe de la spectrométrie de masse MS repose sur l’éventuelle fragmentation de la ou des grosses molécules protéines à analyser en ions qui sont ensuite séparés en fonction de leurs masses et de leurs charges. Les appareils correspondants sont habituellement utilisés comme systèmes de détection à la sortie d’un chromatographe en phase gazeuse ou d’un chromatographe liquide à haute performance. La technique ne pouvant analyser que des molécules ionisées et en phase gazeuse, son champ d’application ne concernait à l’origine que de petites molécules sucres, acides aminés, stéroïdes, dérivés de l’acide arachidonique…. ; il a été ensuite considérablement élargi par la mise au point de techniques permettant de vaporiser et de ioniser les protéines ; encore plus récemment des développements technologiques ont étendu la méthode à des échantillons solides ou à des coupes de tissus. Le spectromètre de masse comporte ainsi schématiquement trois parties chambre d’ionisation/ vaporisation de l’échantillon, système séparateur et capteur des signaux couplé à un système d’analyse informatique. Deux méthodes d’ionisation/ vaporisation sont utilisées — la méthode MALDI Matrix Associated Laser Desorption Ionization » où l’échantillon est co-cristallisé avec une matrice puis soumis à un rayon laser puissant ; — la méthode ESI Electro-Spray Ionisation » où l’échantillon est injecté dans un micro-capillaire porté à un potentiel très élevé. Les systèmes séparateurs sont de trois types — le système de mesure du temps de vol Time Of Flight » ou TOF basé sur le fait que la vitesse d’une molécule ionisée dans un champ électrique est fonction du rapport de sa masse sur sa charge m/z ; — la trappe à ions constituée de trois électrodes soumises à des différences de potentiel alternatif, les molécules ionisées étant éjectées en fonction de leur rapport m/z ; — le quadripôle constitué de quatre cylindres reliés deux à deux et subissant simultanément des différences de potentiel continues et alternatives ; seules les molécules ayant un rapport m/z leur permettant d’être en résonance à un instant donné peuvent traverser ce quadripôle. Toutes les combinaisons entre les différentes méthodes d’ionisation/vaporisation et de séparation sont théoriquement possibles, en pratique deux sont principalement utilisées le MALDI-TOF et l’ESI-MS en tandem ESI-MS-MS ; la résolution analytique de ces systèmes et la puissance des logiciels informatiques qui leur sont couplés sont suffisantes pour établir la composition en acides aminés et même leur séquence dans le polypeptide analysé. En biologie, l’identification des protéines nécessite souvent qu’elles soient préalablement purifiées par couplage du système MS avec un système électrophorétique gel de polyacrylamide en deux dimensions ou avec une séparation chromatographique chromatographie liquide haute performance ou HPLC. Enfin le système SELDI-TOF, mis au point pour l’analyse directe des échantillons de plasma, urines, LCR…, effectue un tri préalable par dépôt de l’échantillon sur différents types de barrettes échangeuses d’anions, de cations… suivi d’une technologie de type MALDI-TOF. Dans le domaine des sciences du vivant, les principales applications de la spectrométrie de masse concernent la biologie structurale, la protéomique », la métabolomique », et l’analyse des structures complexes. La MS est un moyen très utile d’analyse fine des structures moléculaires permettant par exemple de démontrer que l’inhibition de la ribonucléotide réductase par le monoxyde d’azote est due à la fixation spécifique de ce composé ou plus exactement de son dérivé, le peroxynitrite sur le site actif de l’enzyme ; cependant en raison de difficultés expérimentales importantes ce type d’activité relève encore des laboratoires académiques. Par définition, le protéome est l’ensemble des protéines synthétisées par une cellule ; aux 25 000 gènes humains correspondent environ un million de protéines différentes en raison des phénomènes d’épissage alternatif et des multiples modifications posttraductionnelles possibles exprimées de façon différentielle d’un type cellulaire à l’autre. En protéomique », les applications classiques de la MS qui donne accès à environ 10-15 % de ces protéines correspondent à l’identification des spots protéiques obtenus après électrophorèse bidimensionnelle ; elles concernent au premier plan la biologie fondamentale c’est ainsi qu’il a été montré que les cryptes intestinales de souris CFTR-/- étaient dépourvues d’annexine 1 et que ce déficit était retrouvé dans les cellules nasales des patients atteints de mucoviscidose, cela quelle que soit la mutation du gène CFTR en cause l’annexine 1, présente principalement dans le colon, les poumons, le pancréas et les polynucléaires neutrophiles, a une activité anti-inflammatoire car elle inhibe la phospholipase A2 cytosolique et en définitive la libération d’acide arachidonique précurseur des prostaglandines et des leucotriènes ; son absence au cours de la mucoviscidose relève d’un mécanisme posttranscriptionnel car le taux de son ARN messager est sensiblement normal . En biologie clinique la MS se prête à l’analyse de la composition protéique des liquides biologiques sang, urine, LCR… et des tissus en particulier tumoraux ; de nombreux travaux se consacrent ainsi à l’identification de biomarqueurs diagnostiques et/ou pronostiques spécifiques et sensibles, détectables de façon précoce et reproductible, susceptibles de conduire à la mise au point de tests simples et automatisables [1, 2]. En pathologie rénale, l’urine qui peut être obtenue en grande quantité et conservée à —20 degrés ou lyophilisée pendant plusieurs années est bien entendu un matériel biologique de choix. Les composants déterminés en routine servent à explorer la fonction rénale globale créatinine, serum-albumine…, mais n’ont ni spécificité ni valeur pronostique, ce qui explique l’intérêt potentiel de la protéomique » urinaire, tout en sachant que 70 % des protéines protéines solubles et exosomes, c’est-à-dire fragments de membranes proviennent non pas des reins mais du tractus urinaire. Aucun des nombreux travaux consacrés à ce sujet n’a encore obtenu de validation définitive et leurs résultats doivent être considérés comme préliminaires c’est ainsi que dans les néphropathies à IgA est retrouvée une excrétion accrue d’endorepelline extrémité C-terminale du perlecan, protéoglycane de la membrane basale ; dans les néphropathies lupiques une signature » est constituée de 170 pics dont deux correspondent à l’hepcidine peptide connu par ailleurs pour être synthétisé par le foie et comme hormone régulatrice de l’absorption intestinale du fer ; au cours des différents stades évolutifs de l’insuffisance rénale aiguë deux marqueurs semblent prometteurs NGAL Neutrophil Associated Gelanilase Lipocalin » et KIM1 Kidney Injury Molecule » [3] ; chez le nouveau- né, en cas de néphropathie obstructive par dysplasie de la jonction urétéropelvienne, une signature de 53 peptides correspondant à des fragments de collagène de la matrice extra-cellulaire permettrait de prédire la résolution spontanée ou la nécessité d’un acte chirurgical ; enfin de nombreux travaux ont pour objet la découverte d’un ou de marqueurs qui permettraient de juger du stade de non retour dans l’évolution de l’insuffisance rénale chronique, c’est-à-dire de l’irréversibilité des lésions de fibrose en réponse à la thérapeutique. La métabolomique » a pour objet de caractériser les variations de concentration en métabolites entrainées par tout évènement biologique alimentation, prise de médicament ou de xénobiotique….. ou pathologique démonstration que les spectres urinaires MS présentent des différences entre Anglais et Suédois en raison d’une alimentation de composition différente ; variations de composition lipidique entre cerveau normal et cerveau de sujet atteint de maladie d’Alzheimer ; démonstration du caractère prédictif précoce du diabète de type II par une augmentation des taux sériques à jeun de trois acides aminés ramifiés leucine, isoleucine, valine et de trois acides aminés aromatiques phénylalanine, tyrosine, tryptophane [4]. L’analyse directe des structures cytologiques ou histologiques spectrométrie de masse TOF-SIMS où l’échantillon est bombardé par un faisceau d’agrégats de métaux lourds entraînant une ionisation de ses constituants a de nombreuses applications identification de bactéries pathogènes, profilage moléculaire de biopsies diagnostic du cancer du poumon…, imagerie moléculaire de coupes tissulaires, localisation des classes et sous-classes lipidiques ou des métabolites osidiques dans les différentes régions du cerveau, caractérisation au cours de la stéatose hépatique d’une répartition différente des diacylglycérols, des acides gras à longue chaine et de la vitamine E entre zones adipeuse ou non [5, 6]. …L’interprétation de cette imagerie moléculaire nécessite bien entendu une collaboration étroite entre physicien et anatomopathologiste. Dans le domaine de la biologie médicale et en raison à la fois de son très large spectre d’analyse, de sa capacité à doser simultanément un nombre important de composés et de sa très grande sensibilité jusqu’à l’attomole dans certaines conditions, les applications potentielles de la MS sont multiples analyse et dosage des stérols et stéroïdes, des vitamines D et de leurs métabolites, des amines et polyamines, des glyco et sphingolipides, des prostaglandines, des acides biliaires, des acides gras saturés et insaturés….[7]. Il est possible de réaliser par cette technique un diagnostic de la plupart des déficits de la β oxydation mitochondriale des acides gras, de quelques aciduries organiques, des principales amino-acidopathies et des déficits du cycle de l’urée, ce qui a amené certains à la proposer dans le dépistage systématique des affections néonatales [8]. La technique MALDI-TOF s’est également adaptée au génotypage à haut débit, détermination de SNPs ou de mutations ponctuelles Mass-array Sequenom » ; elle a pris également un essor très important dans le diagnostic rapide des infections bactériennes. Enfin la MS couvre un très large champ de la pharmacologie et de la toxicologie. Résonance magnétique nucléaire La résonance magnétique nucléaire RMN est l’étude des propriétés magné- tiques des noyaux atomiques ; ceux-ci constitués de protons, neutrons entourés d’électrons, possèdent un moment dipolaire magnétique et un moment cinétique, responsables du phénomène de spin ». Le moment magnétique de l’atome dépend du nombre de protons et de neutrons ; si ces deux nombres sont pairs ce moment est nul, ce qui explique que les atomes ou leurs isotopes étudiés par RMN correspondent à des chiffres impairs dans la classification de Mendeléiev en biologie 1H, 13C, 15N, 19F, 31P. Les noyaux magnétiquement actifs présents dans un échantillon liquide de 50 à 500 μl sont placés dans un champ très intense 10 à 20 Tesla généré par un aimant supraconducteur plongé dans l’hélium liquide le moment de spin subit un phénomène de précession donnant lieu à un signal qui est amplifié puis soumis à une transformation de Fourier. Dans le cas d’une macromolécule, la RMN de l’hydrogène donne ainsi une série de pics correspondant chacun à un atome mais avec des fréquences différentes en fonction de la nature des liaisons chimiques. La RMN à deux dimensions utilise un transfert d’aimantation à travers des liaisons covalentes ou à travers l’espace ; cette technique est utile pour les études de structure et de conformation d’une molécule, elle donne également des renseignements sur les associations entre les différents types d’atomes. La technologie HR-MAS permet de travailler sur des échantillons biologiques complexes non liquides cellules, biopsies, tumeurs… ou même sur des organismes entiers comme Au total la RMN est spécifique d’un type d’atome ou d’isotope, elle donne un signal distinct pour chaque atome de la molécule, elle est quantitative et non destructrice de l’échantillon. La RMN se prête en biologie à différents types d’application . — Identification et quantification de composés, par exemple l’ATP par RMN du 31P afin de suivre l’évolution de sa synthèse dans les mitochondries. — Analyse du mécanisme de réactions chimiques ou enzymatiques par exemple transformation du glucose-6phosphate en 6 phosphogluconate sous l’action de la glucose-6-phosphate déshydrogénase. — Mesures de distances interatomiques et reconstitution de structures 3D. — Criblage de molécules pharmacologiques par exemple la caractérisation d’inhibiteurs du site actif de la peptide déformylase, enzyme essentielle à la viabilité bactérienne car éliminant le groupe N formyl de la méthionine du codon d’initiation de la traduction ; ces composés, à constante de dissociation très élevée, ont des propriétés antibiotiques mais sont par ailleurs sans effet sur l’enzyme mitochondriale humaine. — Analyse de liquides biologiques plasma, LCR, urine, bile…. qui se heurte à quelques inconvénients faible sensitivité J 10μM, durée d’analyse relativement longue dix minutes, nécessité d’une infrastructure lourde et d’un traitement informatique complexe ; la sensibilité de la méthode peut cependant être améliorée par l’utilisation d’une sonde cryogénique l’abaisse- ment de la température entraînant une diminution du bruit de fond, par l’étude de deux atomes différents ou par la transformation chimique préalable des molécules à analyser par exemple par marquage isotopique au 13C ou par amidification des fonctions carboxyliques par l’éthanolamine 15N qui permet l’identification de plus de 200 métabolites dans les urines ou le plasma, potentiellement utilisable pour le diagnostic de maladies héréditaires du métabolisme des acides aminés, des glucosaminoglucuronoglycanes….. — Métabolisme de xénobiotiques , la RMN étant utilisée soit pour le dosage spécifique de quelques dérivés, soit dans une approche globale dite métabolomique ». Détermination de la séquence de l’ADN Le séquençage des acides nucléiques est sans aucun doute le domaine analytique ayant bénéficié de l’évolution la plus importante au cours des vingt dernières années. Deux méthodes principales ont d’abord été utilisées la méthode chimique de Maxam et Gilbert, aujourd’hui pratiquement abandonnée, et surtout la méthode enzymatique de Sanger aux di-désoxynucléotides qui s’est généralisée en s’adaptant à l’évolution des outils de la génétique moléculaire endonucléases de restriction, vecteurs de clonage, DNA polymé- rases, Polymerase Chain Reaction » ou PCR, marqueurs isotopiques, fluorochromes… et des moyens techniques séparation des fragments par électrophorèse en gel de polyacrylamide puis par électrophorèse capillaire. L’analyse des ADN de grande taille procède de la technique de Shotgun », c’est-à-dire de leur coupure au hasard en fragments de tailles limitées qui sont ensuite clonés classiquement en phages M13 puis séquencés ; pour obtenir une couverture la plus large possible d’un génome, il est indispensable de produire un volume de séquences équivalent à huit à dix fois sa taille présumée ; l’assemblage des séquences obtenues nécessite un traitement informatique performant, la séquence finale étant ensuite annotée pour localiser les gênes, les séquences répétées, les SNPs Single Nucleotide Polymorphism »…. La méthode de Sanger a été l’objet d’une automatisation conduisant à la mise au point d’appareils de plus en plus performants, et à l’origine d’une première version du génome humain en 2001. Au cours des dernières années est apparue une nouvelle génération de séquenceurs dits à haut débit opérant en parallèle sur un très grand nombre de séquences courtes, maintenant indépendants de la méthode chimique de Sanger et reposant sur de nouvelles technologies physicochimiques. Les capacités de ces nouveaux séquenceurs sont de plus en plus grandes actuellement 400 millions à 1 milliard de paires de bases par jour pour un prix de revient de plus en plus faible actuellement moins d’un dollar par million de paires de base, ce qui permet de penser que le séquençage du génome d’un patient donné sera prochainement un acte courant dans un laboratoire de génétique moléculaire hospitalier. Les coûts peuvent encore être réduits en ciblant le séquençage sur l’ensemble des exons exome », qui représente environ 1 % du génome et regroupe plus de 90 % des mutations pathogènes [9, 10]. Dès aujourd’hui sont ainsi ouverts des champs nouveaux d’investigation, en particulier l’identification des gênes de maladies très rares il reste environ 3 500 maladies mendéliennes dont les gènes en cause n’ont pas encore été identifiés. Au lieu d’employer les procédures classiques de clonage positionnel, il suffit maintenant de séquencer un très petit nombre de génomes individuels ; quelques exemples de ce type de stratégie ont été publiés récemment ataxie dominante et gène TGM6 identifié par séquençage des génomes de quatre patients de la même famille, syndrome de Joubert et gène TMEM216 identifié par séquençage des génomes d’un enfant atteint et de sa mère….. Ce genre de démarche se heurte néanmoins à un certain nombre de difficultés ; c’est ainsi qu’il existe environ vingt mille variations ponctuelles de séquence d’un exome à l’autre, dont quatre mille correspondant à un polymorphisme en acide aminé et une centaine à une perte de fonction potentiellement pathogène décalage du cadre de lecture, codon stop, anomalies des sites d’épissage….. Il est donc souvent utile d’affiner cette stratégie de capture d’exons/séquençage à haut débit en s’appuyant par exemple sur une liste de gènes candidats ou sur la localisation préalable d’une région candidate par exemple identification du gène SPG28 en cause dans une forme de paraplégie spastique par séquençage des exons d’une région d’homozygotie du chromosome 14 cartographiée dans une grande famille marocaine [11]. Le séquençage haut débit offre aujourd’hui une puissance inégalée pour identifier les gènes de maladies héréditaires, mais aussi les facteurs génétiques de prédisposition à de nombreuses pathologies communes ; il est également susceptible de devenir un outil courant de diagnostic en particulier dans les cas d’hétérogénéité génique plus de 60 gènes responsables d’ataxie cérébelleuse, plus de 50 gènes dans le cas de la maladie de Charcot-MarieTooth…. ou d’hétérogénéité allélique plus de 150 mutations dans le gène de la parkine, quelques centaines dans le gène CFTR….. Toutes ces techniques demandent cependant à être associées à d’énormes moyens de traitement et de stockage informatiques un seul génome humain représente la capacité de stockage de cinq disques durs d’ordinateur portable…. Enfin ce séquençage haut débit peut générer une quantité d’informations génétiques non liées directement à l’objectif diagnostic initial mutations hétérozygotes d’autres gènes, allèles de susceptibilité… et susceptibles de poser des problèmes éthiques, essentiellement en révélant des variants alléliques sans aucune conséquence clinique, mais susceptibles de développer chez les intéressés une anxiété injustifiée. Un deuxième champ d’application important des techniques de séquençage à haut débit est celui de la génomique tumorale dans le but non seulement d’identifier les différentes anomalies génétiques, mais aussi de faire la distinction entre mutations principales drivers » et mutations secondaires pas- sengers » avec en arrière plan l’espoir de thérapies ciblées. Le séquençage du génome tumoral présente néanmoins un certain nombre de difficultés taille et état de conservation de la pièce, ploïdie, hétérogénéité cellulaire clonale et sous-clonale…, en outre les mutations sont somatiques et variées mutations ponctuelles, délétions, duplications, insertions/délétions, réarrangements…, tous ces éléments rendant indispensable la comparaison génome tumoral/ génome constitutionnel du malade. D’un point de vue technique l’analyse de l’ADN tumoral nécessite un séquençage d’un nombre de fragments dont l’ensemble équivaut à au moins trente fois la taille du segment à explorer pour obtenir une précision suffisante il peut s’agir d’un séquençage du génome entier et dans ce cas de préférence sur des fragments de grande taille, c’est-à-dire d’environ 3Kb, jumping libraries » pour faciliter la détection des réarrangements, d’un séquençage de l’exome ou d’un séquençage après capture de régions particulières du génome. L’instabilité du génome tumoral est démontrée par l’augmentation des anomalies en fonction du stade évolutif et par l’apparition de nouvelles mutations dans les métastases ou dans les xénogreffes chez la souris NOD/SCID. Les diverses anomalies génomiques observées sont collectées dans un schéma, le CIRCOS PLOT », qui permet une comparaison aisée des anomalies d’une tumeur à l’autre ou entre tumeurs, métastases et xénogreffes. De telles représentations CIRCOS PLOT » ont été récemment publiées dans le cas de tumeurs du sein [12], de glioblastomes [13], de cancers du poumon à petites cellules [14] et de mélanomes [15] ; en outre des programmes internationaux International Cancer Genome Consortium » ou ICGC, COSMIC »… actuellement en cours ont pour objet de mettre en œuvre le même type de recensement sur un grand nombre de tumeurs malignes. Dans le cadre de l’ICGC, qui a pour objectif l’analyse de 50 000 tumeurs, la France via l’INCA est chargée de l’étude des cancers primitifs du foie, du sein et de la prostate. Les puces ADN ou micro-arrays » En pathologie, les facteurs génétiques en cause peuvent être classés schématiquement en trois trois groupes les facteurs mendéliens, les variants rares à risque relatif élevé [10-12] et les polymorphismes fréquents mais à risque relatif faible [1-5]. L’analyse pan-génomique a pour objet d’identifier ces derniers facteurs génétiques responsables de prédispositions ou de protection vis-à- vis des maladies communes ; ces travaux sont effectués à grande échelle plusieurs milliers de malades et de témoins par des études GWAS Genome Wide Associations Studies » qui recherchent des déséquilibres de liaison entre le trait pathologique et des SNPs localisés dans une même région du génome, tout en sachant qu’une association n’identifie pas obligatoirement un variant causal, mais très souvent un variant proximal [16]. Ces études utilisent des puces constituées de fragments d’ADN oligonucléotides correspondant à des séquences données, déposées sur un support solide selon une disposition ordonnée array », le fonctionnement de ces puces reposant sur une hybridation par des séquences complémentaires marquées par un fluorochrome. L’évolution technique récente des puces ADN a été considérable de 2007 à 2010 elles sont passées d’une densité de 370 000 à 2 500 000 SNPs avec des distances les séparant en moyenne sur le génome passant de 4,9 à 0,63 kb. Depuis 2007 une série de SNPs et donc de loci associés à la maladie de Crohn [17], à la polyarthrite rhumatoïde [18], au diabète de type I, au diabète de type II et obésité [19], à l’hypertension artérielle [20] mais avec des effets très faibles risques relatifs à peine supérieur à 1 ont été décrits. Un locus en 9p21 est par ailleurs plus significativement associé aux coronaropathies ischémiques risque relatif 1,25 et aux anévrysmes abdominaux et intracrâniens risque relatif 1,7 [21, 22] ; les SNPs correspondants sont localisés dans une région non codante de 58kb située à proximité des gènes suppresseurs de tumeur CDKN2A et 2B cyclin dependant kinase inhibitor 2A/2B » fréquemment délétés dans les processus malins ; chez la souris la délétion de la région homologue diminue le niveau d’expression des gènes CDKN2A/2B et augmente la prolifération et la sénescence cellulaires [23]. Les loci identifiés aujourd’hui par les études GWAS correspondent donc à une augmentation de risque faible en général inférieur à 1,3. Même associés ils expliquent généralement moins de 10 % de la variabilité d’un trait attribuée aux effets génétiques ; ainsi dans le cas de la surcharge pondérale, l’héritabilité du BMI Body Mass Index » est considérée comme étant de 50 %, le génotypage de 125 000 individus a identifié 32 variants n’expliquant que 1,45 % de la variabilité génétique et les auteurs du travail considèrent par extrapolation que si l’étude de 730 000 sujets devrait conduire à l’identification d’environ 280 loci, ceux-ci n’expliqueraient toujours que 9 % de cette variabilité [24]. Il persiste ainsi une différence considérable entre héritabilité et résultats obtenus par les études GWAS ce hiatus a été qualifié de missing heredity ». Plusieurs hypothèses sont avancées pour expliquer cette héritabilité manquante » puces ADN ne testant que les SNPs relativement répandus c’est-à-dire dont l’allèle mineur a une fréquence supérieure à 5 % et donc ne prenant pas en cause des variants plus rares mais avec des effets forts, fréquences alléliques différentes d’une population à l’autre, non prise en cause dans ces études des effets non génétiques, non utilisation dans les analyses statistiques des méthodes de la génétique quantitative…Pour répondre à la première explication proposée, un projet 1 000 génomes » se proposant d’identifier des polymorphismes plus rares est en cours environ 5 millions de SNPs sont nécessaires pour englober 95 % de ces polymorphismes dont l’allèle mineur a une fréquence égale ou supérieure à 1 % . Il est plus vraisemblable que la résolution de ce problème viendra de l’utilisation des nouvelles technologies de séquençage à haut débit. Le concept de genome disorder » c’est-à-dire de maladie génétique par perte ou gain de gènes, résultant d’une recombinaison non allélique entre deux segments chromosomiques présentant une forte homologie de séquence duplicon a été proposé en 1998 ; il explique les anomalies en cause dans diverses affections hyperplasies congénitales des surrénales, maladie de Charcot-Marie-Tooth type 1A, neurofibromatose type 1…. La caractérisation de ces réarrangements chromosomiques, entraînant une perte ou un gain de séquence, s’est effectuée par hybridation génomique comparative entre ADN témoin et ADN patient sur puce ADN CGH-array ». Les performances de ces puces dépendent de leur taux de recouvrement du génome ; elles se sont progressivement améliorées et dès 2003 des puces 1Mb constituées de 3523 clones BAC ou PAC densité moyenne d’un clone par mégabase génomique avaient une résolution supérieure à celle obtenue par un caryotype ; cet outil analytique appliqué chez des patients présentant retard mental et malformations congénitales a démontré la fréquence de ces anomalies 7 délétions et 5 duplications dans un groupe de 50 patients, la fréquence des anomalies de novo non héritées 6 délétions sur 7, 1 duplication sur 5 dans ce même groupe ; il a également conduit a définir de nouveaux syndromes dont celui correspondant à une microdélétion en 17q21-3 [25] ainsi qu’un nouveau polymorphisme d’inversion ou haplotype H1 caractéristique des populations européennes 26. En 2004 est apparue la notion de CNV Copy Number Variant », c’est-à-dire de variations structurales à grande échelle du génome un kilobase à plusieurs mégabases, correspondant à des duplications, des délétions, des associations de délétions et de duplications ou des remaniements multialléliques. L’importance quantitative de ces CNV a fait l’objet d’estimations différentes jusqu’à 12 % du génome ; l’utilisation de la dernière génération de puces formées chacune de 2,1 millions d’oligonucléotides, susceptibles d’identifier des CNV d’une taille inférieure à 1 kb, conduit à une évaluation de l’ordre de 4,8 % du génome correspondant à environ 50 000 duplications/délétions. Il est rapidement apparu que chaque génome de sujet phénotypiquement normal présentait tout une série de ces duplications/délétions, qu’il existait des différences significatives suivant les ethnies, compatibles avec une origine africaine de l’humanité et montrant par exemple une adaptation du génome au type d’alimentation le nombre de copies du gène de l’amylase salivaire est plus élevé dans les populations dont l’alimentation est riche en amidon. D’une façon générale, les fonctions biologiques potentiellement surexprimées par les duplications sont les fonctions de réponse à un stimulus en particulier immunitaire, de perceptions sensorielles, d’adaptation à l’environnement, de kératinisation et d’adhésion cellulaire. Les CNV sont à l’origine de tableaux pathologiques à transmission dominante exemple duplication du locus APP et maladie d’Alzheimer héréditaire à début précoce, récessive délétion du gène responsable de l’atrophie musculaire spinale…. ou complexe. Certains CNV sont associés à des variations de risque vis-à-vis de certaines maladies délétion des gènes CFPH 1 et 3 et diminution du risque de dégénérescence maculaire liée à l’âge, duplication du gène CCL3L1 et augmentation de la susceptibilité au VIH, diminution du nombre de copies du gène β défensine et prédisposition à la maladie de Crohn….Enfin, dans le cas de maladies multifactorielles polyarthrite rhumatoïde, diabètes de types I et II, sclérose en plaque… la contribution des CNV est démontrée [27]. Nos 25 000 gènes génèrent environ 300 000 ARN messagers, chaque type cellulaire en exprimant environ 15 000 transcriptome, mais avec des niveaux quantitatifs très différents de 10 à 10 000 copies. Comme la protéomique, la transcriptomique » est un moyen d’analyse globale extrêmement puissant en biologie et en pathologie, en particulier en oncologie, et ceci avec une approche technologique plus simple ; l’étude du transcriptome fait en effet appel à deux types de méthodes classiquement aux méthodes d’hybridation sur puces, plus récemment au séquençage systématique des ADN complémentaires ou des ARN eux-mêmes. La méthode SAGE a ainsi pour principe d’identifier chacun des cDNA par une étiquette tag » d’une vingtaine de nucléotides ; les étiquettes sont ligaturées pour former de longs concatémères qui sont ensuite clonés puis séquencés la comparaison des séquences tag » et des séquences d’ADN génomique permet de déterminer quels sont les gènes exprimés par la cellule ; en outre le nombre de copies de chaque étiquette est proportionnel à l’abondance initiale du messager et cette méthode est donc spécifique et quantitative. Par exemple en physiologie rénale le premier élément à prendre en compte est la grande complexité structurale et la grande diversité cellulaire de l’organe, obligeant pour établir les transcriptomes normaux à des microdissections suivies de tris cellulaires. L’étude transcriptomique des différents segments du néphron caractérise des marqueurs spécifiques de chacune de ces structures et une standardisation à partir de ces gènes de référence permet de corriger la grande variabilité des biopsies rénales. Au cours du syndrome néphrotique l’étude des transcriptomes à identifié un nouveau canal sodium gène ACCN1 et protéine ASic 2 associé à une protéine chaperonne gène HSPA8 et protéine HSC70. Par ailleurs la clusterisation » hiérarchique des gènes exprimés fait apparaitre que la souris couramment utilisée en pathologie expérimentale rénale n’est en fait sans doute pas un bon modèle de physiopathologie humaine [28]. Cancérologie L’apparition des techniques de biologie moléculaire, notamment des analyses à haut débit a conduit à une nouvelle approche des affections malignes, classiquement effectuée par l’étude des ARN par des méthodes basées sur l’hybridation puces à ADN et plus récemment par séquençage génomique massif. Ces études, souvent menées à grande échelle par des programmes internationaux, ont pour objectifs de revoir et d’améliorer la classification histologique des tumeurs, d’identifier leurs gènes critiques signataires », de définir des critères moléculaires de pronostic et si possible des choix thérapeutiques ciblés. Pour illustrer ce sujet nous avons choisi quatre affections malignes les cancers colorectaux, les mélanomes, les gliomes et les cancers du sein. Cancers colorectaux Les cancers colorectaux sont caractérisés par une instabilité chromosomique en raison d’une perte d’hétérozygotie de gènes comme APC gène de la polypose adénomateuse familiale, TP53 ou SMAD4, ou par une instabilité des microsatellites du fait de l’inactivation des gènes du système de réparation des misappariements ou MMR Mis-Match-Repair », cette inactivation pouvant être héréditaire HNPCC pour Hereditary Nonpolyposis Colon Cancer » ou syndrome de Lynch par mutations de gènes MLH1, MSH2, MSH6 ou acquise par méthylation de leurs ilots CpG. La progression du cancer colorectal est un processus multi- étapes dysplasie-adénome précoce-adénome intermédiaireadénome tardif-carcinome, le passage de l’une à l’autre résultant de diverses mutations ou délétions géniques et l’initiation étant déterminée dans 90 % des cas par un dysfonctionnement de la voie Wnt/β caténine [29]. L’étude des tumeurs par des puces d’expression cDNA conduit à les classer en deux groupes correspondant à la stabilité des microsatellites MSS ou à leur instabilité MSI et à définir deux sous-groupes de MSS à faible ou forte agressivité ainsi que deux sous-groupes de MSI HNPCC et cas sporadiques. Les micro-arrays génomiques montrent pour l’essentiel des gains de matériel dans les MSI en particulier en 11q2 .1- tandis que gains et pertes sont sensiblement équilibrés dans les tumeurs MSS. Ces remaniements génomiques entraînent l’apparition prématurée de codons stop responsables d’une inactivation et d’une dégradation prématurée des ARNm correspondants, mais surtout d’un dysfonctionnement d’environ un tiers des gènes en raison de variations dans le nombre de copies duplications/délétions MSI 702 gènes surexprimés et 362 sous-exprimés, MSS 318 gènes surexprimés et 867 sous-exprimés. Par ailleurs les cancers MSI ne sont jamais métastatiques et donc de meilleur pronostic. Néanmoins ces résultats de biologie moléculaire n’ont pas encore conduit à des thérapeutiques différenciées [30]. Mélanomes Les mélanomes cutanés sont des tumeurs malignes fréquentes 8 000 nouveaux cas par an en France et parmi les plus graves en raison de leur potentiel métastatique élevé et de l’insuffisance des moyens thérapeutiques. La classification anatomo-clinique distingue quatre formes principales mélanome à extension superficielle, mélanome nodulaire, mélanome lentigo ou de Dubreuilh, mélanome des extrémités ou acral-lentigineux ; à partir du naevus bénin l’évolution passe par les stades de naevus dysplasique puis de mélanome à croissance radiale, à croissance verticale et enfin de mélanome métastatique. 8 à 10 % des mélanomes sont dits familiaux et dus à des gènes de prédisposition majeure CDKN2A et CDK4 CDKN2A donne par épissage alternatif deux protéines p16 qui inhibe le complexe CDK4/cycline D et donc le cycle cellulaire et p14 qui stabilise p53 en sequestrant MDM2 et contrôle l’apoptose. Environ 90 % des mélanomes sont donc dits sporadiques et relèvent d’une étiologie multifactorielle outre les effets environnementaux avec au premier plan les UV, interviennent également des facteurs de prédisposition génétique variants de gènes de pigmentation comme MC1R, TYR, MATP, ASIP et TYRP1, de gènes des systèmes de réparation de l’ADN comme ERCC2, XPC, XPF et POLH, de gènes de l’immunité comme FAS et FASLG. La mélanogenèse fait intervenir une voie AMPc dépendante activée par la fixation de l’α MSH α mélanocyte stimulating hormone » à son récepteur MCR1 melanocortin 1 receptor » dont divers variants comme D84E, R142H, R160W, R151C, D294H… augmentent le risque de mélanome et relayée par le facteur de transcription MITF. Par ailleurs, divers variants génétiques favorisent également la progression tumorale, ils appartiennent globalement à la voie RAS/MAPK qui contrôle en définitive l’apoptose et le cycle cellulaire ; des mutations de BRAF, NRAS, cKIT, PTEN… augmentent ainsi le risque de mélanome métastatique, ils sont devenus de ce fait des cibles thérapeutiques potentielles. Classiquement, le diagnostic et l’évaluation thérapeutique reposent sur des critères histologiques indice de Breslow, ulcérations, index mitotique, statut du ganglion sentinelle. En biologie moléculaire, les analyses transcriptomiques rétrospectives sont généralement impossibles, les puces d’expression nécessitant des ARN non dégradés, c’est-à-dire des mélanomes congelés, situation rare car les pièces sont habituellement fixées et paraffinées ; c’est ce qui explique que la plupart des résultats obtenus à ce jour l’ont été sur des lignées de cellules mélaniques caractérisation d’une expression génique différentielle entre peau normale, naevus, mélanomes primitifs et mélanomes métastatiques ; identification d’un groupe de gènes, contrôlant la prolifération cellulaire et l’apoptose, impliqués dans le passage de la prolifération radiale à la prolifération verticale ; caractérisation d’un ensemble de 254 gènes cycle cellulaire, réparation de l’ADN, ubiquitinylation.. discriminant pour le pronostic. Les mélanomes présentant une insensibilité importante à la chimiothé- rapie classique, les efforts pharmacologiques se portent sur la recherche de thé- rapies ciblées anti-BRAF, anti-MEK, anti-KIT… susceptibles d’inhiber la voie RAS/MAPK. Une mutation activatrice de BRAF V600E est retrouvée dans 50 % des mélanomes et le traitement spécifique des patients par un inhibiteur sélectif PLX4032 conduit à une régression complète ou partielle dans la majorité des cas, avec une durée moyenne de réponse de 6,8 mois [31] ; des résistances secondaires à ce produit sont cependant susceptibles d’apparaître en raison d’une mutation de NRAS Q61K activant la voie MEK/ERK [32]. D’autres inhibiteurs de BRAF mais aussi de MEK et cKIT sont en cours de développement. Le mélanome représente ainsi un excellent exemple de l’apport de la biologie moléculaire et des technologies d’analyse à haut débit dans la définition de biomarqueurs prédictifs et le choix de thérapies ciblées. Tumeurs gliales Les tumeurs cérébrales sont classées en deux grands groupes les tumeurs neuro-épithéliales dont les tumeurs gliales, qui représentent 50 % de l’ensemble tumoral et non neuro-épithéliales. Les tumeurs gliales ou gliomes se différencient en tumeurs astrocytaires, oligodendrocytaires, oligoastrocytaires ou mixtes, chacune se présentant avec différents grades de malignité en fonction de la densité cellulaire, des atypies cytonucléaires, des mitoses, d’une prolifération endothéliocapillaire, de nécrose ; les astrocytomes de grade IV ou glioblastomes représentent environ la moitié de ces tumeurs gliales. Cette classification exclusivement histologique reste imparfaite et subjective comme le prouvent les nombreuses discordances inter et intra-observateurs, ainsi que le nombre important de mauvais résultats obtenus dans les indications pronostiques ou thérapeutiques qui en sont déduites. Ce constat explique l’intérêt potentiel suscité par les techniques d’analyse à haut débit de la biologie moléculaire. L’étude de l’ADN des gliomes par des puces génomiques BAC ou PAC caractérise des remaniements, pour l’essentiel des gains de matériel sur les chromosomes 1,7 et 19 ainsi que des délétions sur les chromosomes 11 et 12. Dans les astrocytomes de grade I ou astrocytomes pylocytiques représentant 5 % des gliomes une duplication de BRAF 7q34, résultant dans 80 % des cas d’un réarrangement chromosomique, est mis en évidence. Les tumeurs oligodendrogliales de grade III présentent dans deux tiers des cas une codélétion 1p36/19q13 avec translocation1/19. Les glioblastomes primitifs ou secondaires à une tumeur de plus faible malignité ont un très mauvais pronostic médiane de survie entre 12 et 24 mois ; leur analyse génomique montre des duplications importantes au niveau des gènes de l’EGFR de MDM4 et de PDGFRA ainsi que des délétions en 9p et10. Les amplifications d’EGFR et de PDGFRA ont pour conséquence un dysfonctionnement de la voie RTK/RAS/PI3K avec augmentation des capacités cellulaires de prolifération ; en outre des anomalies de la voie p53 mutations/délétions/ amplifications de CDKN2A, MDM2, MDM4, ou TP53 sont retrouvées dans 90 % des cas et dans 75 % des cas des anomalies semblables de la voie Rb affectant les gènes CDK2A, 2B et 2C, CDK4 ou RB1 ; ces anomalies sont quantitativement croissantes avec le stade évolutif de la tumeur [33]. Au plan du terrain génétique », un certain nombre de SNPs dans les gènes de réparation de l’ADN et dans les gènes contrôlant le cycle cellulaires sont des facteurs de risque pour les tumeurs gliales ; il faut également noter que des gliomes s’observent au cours de divers syndromes de prédisposition aux cancers sclérose tubéreuse de Bourneville, neurofibromatose type 1, syndrome de Cowden, syndrome astrocytome-mélanome, syndrome de Li-Fraumeni, syndrome de Turcot B…... Sur la base de ces anomalies génomiques une classification pronostique des tumeurs gliales en trois groupes A, B et C est proposée ; souvent en contradiction avec les résultats de la classification histologique, elle permet de détecter les tumeurs faussement rassurantes et de mieux guider le traitement. Par ailleurs le séquençage à haut débit de 22 gliomes a caractérisé dans 10 % des tumeurs une mutation de l’IDH1 isocitrate deshydrogénase responsable d’une réversion de la réaction enzymatique transformation de l’αcétoglutarate en 2 hydroxyglutarate et en définitive entraînant un meilleur pronostic [34]. Enfin il a été également montré que la méthylation et donc l’inactivation du gène MGMT o-méthyl-guanineDNA-méthyl-transférase était associée à une meilleure réponse au traitement par la témozolomide. L’analyse moléculaire des gliomes conduit aujourd’hui à une classification pronostique plus précise ; il est espéré qu’elle mène également à l’établissement d’une carte d’identité génomique de chaque tumeur et en définitive à des traitements personnalisés, ciblés, plus efficaces et moins toxiques. Cancers du sein Le cancer du sein est l’affection maligne la plus fréquente chez la femme 46 000 décès en France en 2006 ; 10 à 15 % de ces cancers sont qualifiés d’héréditaires, en raison de mutations à pénétrance élevée des gènes BRCA1, BRCA2, PTEN, RAD51C, TP53, PALB2, plan histologique, les cancers du sein sont classés en deux grands groupes les cancers in situ canalaires ou lobulaires et les cancers infiltrants dont 70-75 % de type canalaire et 10-15 % de type lobulaire. La prise en compte du grade de différentiation et de la présence ou non de récepteurs aux oestrogènes ER a constitué une première classification pronostique score de Nottingham. Plus récemment une classification basée sur un profil d’expression génique distingue quatre grands groupes de carcinomes — basal-like » ou triple négatif correspondant à l’absence d’expression des gènes ER, PR progesterone receptor » et HER2 epidermal growth factor receptor 2 » ou ErbB2 ». — luminal A qui sont ER positifs et de bas grade histologique. — luminal B également ER+ mais de haut grade. — HER2+ montrant une expression élevée d’ErbB2 et des autres gènes présents dans le fragment d’ADN amplifié par PCR amplicon [35]. Les cancers luminal A s’avèrent a priori de bon pronostic, les luminal B et HER2 de mauvais et les triples négatifs de très mauvais pronostic. Afin d’améliorer les critères pronostiques et si possibles les indications thérapeutiques, différents tests d’expression génétique sur les ARN extraits de la tumeur centrés sur les gènes de prolifération et de différenciation cellulaires sont actuellement proposés, en particulier MammaPrint qui analyse 70 gènes sur puces ADN et Oncotype DX qui étudie 21 gènes par RT-PCR quantitative. Deux projets internationaux, TAILORx utilisant le kit Oncotype DX et MINDACT le kit Mammaprint, sont en cours, chacun sur plusieurs milliers de tumeurs, afin de préciser l’intérêt médical de ces tests commerciaux [36]. Outre la bonne pertinence du choix des gènes analysés, ces tests se heurtent également, comme dans bien d’autres cancers, à la complexité des tumeurs du sein hétérogénéités cellulaires et moléculaires, grandes variétés des types histologiques, anomalies chromosomiques….Dans cette étape l’anatomopathologiste doit jouer un rôle déterminant en réalisant la micro-dissection tissulaire, en précisant le diagnostic histologique, en vérifiant la qualité du prélèvement confié au biologiste moléculaire et en mettant en œuvre différentes approches in situ , en particulier immunohistochimiques. La mise en œuvre de l’imagerie MALDI sur support solide permet par ailleurs de définir l’arrangement spatial des macromolécules et de générer une représentation 3D du profil protéique tumoral. Conclusions et recommandations La spectrométrie de masse est une technique dont les avantages, en particulier sa très grande sensibilité, ne sont sans doute pas suffisamment exploités en milieu hospitalier ; cet état de fait tient aux choix techniques précédemment effectués dosages radio-immunologiques, dosages immuno-enzymatiques…., à l’importance des investissements matériels à faire, à la nécessité d’un support bioinformatique compétent, mais aussi à la faible culture en physique et biophysique des biologistes médicaux et au cloisonnement traditionnel entre les différentes disciplines biologiques et fondamentales. La technologie dont les développements semblent aujourd’hui les plus prometteurs est celle des séquenceurs, le séquençage d’un ADN génomique de patient devant très rapidement devenir un acte médical courant ; cette évolution nécessitera à nouveau de gros investissements en matériel informatique et le recrutement de bioinformaticiens. Outre le domaine des maladies génétiques, des facteurs génétiques en cause dans les maladies dites multifactorielles, les principales applications du séquençage ou des puces à ADN devraient concerner la cancérologie et la pharmacogénétique. En cancérologie ce seront la définition de signatures moléculaires diagnostiques, pronostiques, et surtout les indications de thérapeutiques ciblées ; quelques exemples de ces indications pharmacologiques sont aujourd’hui bien caractérisés inhibiteur imatinib de l’activité de la protéine kinase BCR/ABL dans la leucémie myéloïde chronique, inhibiteur PLX 4032 du gène BRAF muté V600E dans le mélanome, inhibiteur gefitinib du récepteur de l’EGF muté L858R dans le cancer bronchopulmonaire….En pharmacogénétique, il s’agira de la détection de mutations dans les gènes impliqués dans le métabolisme des médicaments et susceptibles d’entraîner des accidents thérapeutiques. Dans la perspective de ces évolutions, l’Académie nationale de médecine recommande 1 Que soit engagée une réflexion officielle sur les problèmes éthiques qui ne manqueront pas d’apparaître en raison des nombreuses informations génétiques résultant du séquençage du génome des patients, comme par exemple la valeur à accorder au caractère prédictif des polymorphismes génétiques ou à la découverte de mutations hétérozygotes récessives. En effet, la mauvaise utilisation de ces nouvelles données génétiques, en dehors du champ médical strict, pourrait connaître des dérives dangereuses, notamment dans le cadre du diagnostic prénatal à partir de l’ADN fœtal. 2 Que dans les centres hospitaliers, en particulier universitaires, des plateformes regroupent les moyens analytiques lourds spectromètres de masse, appareil de résonance magnétique nucléaire, séquenceurs à hauts débits.., cette organisation dépassant le cadre traditionnel des différentes disciplines biologiques. 3 Que ces plateformes soient dotées des moyens informatiques indispensables et bénéficient du recrutement d’informaticiens dans le cadre du personnel technique et du personnel enseignant avec dans ce dernier cas la possibilité de recrutement de non médecins. 4 Que la détermination des signatures moléculaires en cancérologie devienne systématique et prise en compte dans les nomenclatures d’actes. 5 Que se développe la pharmacogénétique en routine hospitalière comme l’a déjà recommandé l’Académie [36] et que soit créée une carte individuelle faisant état des mutations potentiellement dangereuses lors de la prise de certains médicaments. 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Laprevote, EA CNRS 4463, faculté de pharmacie, avenue de l’observatoire Professeur A. Edelmann, INSERM U845, hôpital Necker, Paris Docteur A. Doucet, UMR 872, centre des cordeliers, Paris Docteur S. Mourah, INSERM U940, hôpital Saint-Louis, Paris Docteur A. Idbaih, CRICM-INSERM-UMR975, Pitié-Salpétrière, Paris Docteur A. Duval, INSERM-UMR938, hôpital Saint-Antoine, Paris Docteur AV Salomon, INSERM U830, Institut Curie, Paris Professeur INSERM U773, hôpital Beaujon, Paris * * * L’Académie saisie dans sa séance du mardi 17 janvier 2012 a adopté le texte de ce rapport à l’unanimité * Membre de l’Académie nationale de médecine ; e-mail legall56 * Membres de la Commission I Membres titulaires Mmes ADOLPHE, MARCELLI, MM. ARDAILLOU, BAULIEU, CABANIS, CAZENAVE, DENIS, DREUX, GALIBERT, HAUW, LAUNOIS, LE GALL Président, MILGROM, MONTAGNIER, NETTER, NEZELOF, NICOLAS PARODI, PESSAC, RONCO, ROSSET, STRAER, TIOLLAIS, VINCENT. Membres correspondants Mmes DEJEAN-ASSEMAT, EVAIN-BRION, MOREL, MM. BASTIDE, BRICE, DEBRE Secrétaire, DELMAS, DELPECH, DOUAY, DUSSAULE, GRIEDLANDER, JEANTEUR, LE BOUC, MAQUART, SOUBRIER, STOLTZ, SWYNGHDAUW, VIGNERON. Membres invités Mme LECOMTE, MM. CAEN, CHOUARD, Acad. Natle Méd., 2012, 196, no 1, 151-171, séance du 17 janvier 2012
Si la valeur de Ct est 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une ≤excrétion virale significative - Si la valeur de Ct est > 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible
De façon un peu étrange le taux de positivité à la Covid 19 est peu commenté, alors que cet indicateur est très important, et nous montre qu'une part importante de la population a et a été infectée. En préambule à cet article il convient de faire un rappel ; une épidémie cesse ou devient bénigne pour un nombre limité de raisons qui sont les suivantes Soit on trouve un traitement, Soit on trouve un vaccin, Soit le virus mute ou disparaît, Soit la population atteint l’immunité collective ». A ce stade de la pandémie de la Covid aucun traitement n’a réellement démontré son efficacité, un vaccin reste hypothétique à court terme, et les évolutions du virus sont aléatoires. Quant à l’immunité collective si on en a beaucoup parlé elle ne fait plus la une. Pourtant le tableau actuel de l’épidémie devrait inciter à s’y intéresser de nouveau même si certains travaux posent la question d'une immunité de groupe possible avec le Sars CoV-2. En effet dans l’avalanche quotidienne de chiffres autour de la Covid, il y a un chiffre qui est très peu commenté et qui pourtant devrait nous interpeller. Il s’agit du taux de positivité. Ce taux est défini ainsi Nombre de personnes testées positives en RT-PCR SARS-CoV-2 divisé par le nombre de personnes testées, sur les 7 derniers jours consolidés. Il indique donc le pourcentage de personnes qui sont porteuses du virus au moment du test, et sont donc contaminées. Au 4 octobre 2020 il était de 8,2% et ce pour 12 565 cas positifs, ce qui veut dire que l’on a testé plus de 153 000 personnes. Avec un nombre de tests aussi élevé en semaine 39, plus de 924 000 personnes avaient été testées ! la structure de l’échantillon testé devient très proche de celle de la population française*, et ce d’autant plus que les tests étant gratuits tout le monde peut se faire tester. Cela veut donc dire qu’au 4 octobre 2020 8,2% de la population française – ou en tout cas un chiffre proche – était porteuse du virus. Ce chiffre est très élevé car cela correspond à près de 5,5M de personnes ! Ces personnes qui sont testées positives, logiquement, ne vont pas se tester à nouveau et les nouvelles personnes testées dans les prochains jours seront donc bien différentes, ce seront de nouveaux cas. Au bout d’un certain temps, par exemple le 31 octobre, toutes les nouvelles personnes testées positives feront partie d’une nouvelle cohorte de personnes positives, car on ne reste pas positif indéfiniment, et aucune personne qui aurait été testée positive le 4 octobre ne le serait encore ; ce qui est déterminant ici c’est la durée pendant laquelle on est positif à un test PCR. Il est très difficile* de trouver des chiffres convergents sur le sujet mais on peut estimer que la période de positivité » aux tests PCR dure 15 jours environ. Donc si le taux de positivité reste à 8,2% tout au long du mois d’octobre on pourra estimer que plus de 16% de la population aura été contaminée pendant ce seul mois ! Là où cela devient vraiment intéressant c’est que depuis le début de l’épidémie de très nombreuses personnes ont, elles aussi, été contaminées. En utilisant rétrospectivement le taux de positivité on pourrait déduire à chaque moment la proportion de la population contaminée. Faisons l'exercice depuis début juin avec les hypothèses suivantes qui sont assez proches de la réalité d'après les chiffres que j'ai pu retrouver, notamment avec une augmentation sensible du taux à partir du mois d’août - taux de positivité en juin 1%, soit 2% de la population positive sur le mois 30 jours divisé par 2, soit 2 cycles de 15 jours, multipliés par 1% - taux de positivité en juillet 1%, soit 2% de la population positive sur le mois 30 jours divisé par 2, soit 2 cycles de 15 jours, multipliés par 1% - taux de positivité en août 2%, soit 4% de la population positive sur le mois 30 jours divisé par 2, soit 2 cycles de 15 jours, multipliés par 2% - taux de positivité en septembre 4%, soit 8% de la population positive sur le mois 30 jours divisé par 3, soit 2 cycles de 15 jours multipliés par 4% - première quinzaine d'octobre 8% de positifs, soit 8% de la population. On arrive au total à plus de 24% de la population depuis juin ! ce qui serait une excellente nouvelle car cela voudrait dire qu’une part beaucoup plus grande de la population a été contaminée par rapport à ce qu’on pensait. Et si on extrapolait à la période de février/mars/avril on serait encore plus haut une modélisation de l’Institut Pasteur indiquait environ 5% de la population infectée fin avril, plutôt autour de 30%. D’ailleurs si on reprend le chiffre de l’Institut Pasteur avec 5% de la population infectée à fin avril on a eu près de 30 000 morts et l’obligation de confiner, et avec entre 20 et 25% de la population contaminée en plus depuis cette date nous avons des chiffres très inférieurs et sans confinement, ce qui serait là aussi une très bonne nouvelle. Cela tendrait à soutenir l’hypothèse d’un virus moins virulent ou de facteurs d’immunité bien plus forts qu’on ne le pensait. En conclusion on peut penser qu’une part importante de la population a été infectée avec une accélération depuis août ; ceci explique les chiffres en augmentation hospitalisations, réanimations mais sans commune mesure avec la période de mars/avril. Si cela se confirmait l’immunité collective ne serait plus alors un objectif inatteignable, et il serait envisageable sans un coût humain insupportable. * On peut contester cette hypothèse sur un jour ou deux mais par sur la durée. Si on a testé 1 million de personnes en une semaine et que le taux de positivité est de X% il est très proche du taux dans la population générale. **C’est une donnée critique pour estimer le nombre de cycles pour compter les nouvelles cohortes ; si la durée de positivité aux tests PCR était plus longue on aurait moins de cycles et donc moins de personnes contaminées dans mes calculs.
Uneétude publiée le 21 juin 2022 par le New England Journal of Medicine rend compte de la durée de contagiosité en fonction du statut vaccinal des personnes ayant contracté le Covid-19. Selon les résultats, les personnes vaccinées restent porteuses du virus pendant une période plus longue que les personnes qui n’ont pas reçu de vaccin. Une étude en forme
L’épidémie de Covid-19, due au coronavirus SARS-CoV-2, impressionne à la fois par la rapidité de circulation du virus depuis décembre 2019 et par le nombre de cas rapportés lorsque l’Organisation mondiale de la Santé a officiellement déclaré l’état de pandémie, le 12 mars 2020, 125 260 cas avaient été confirmés. Un mois et demi plus tard, le 22 avril, plus de 2,5 millions de cas confirmés étaient dénombrés. L’émergence de ce virus n’est pas sans rappeler celle du SARS-CoV, virus de la même famille à l’origine de l’épidémie de SRAS syndrome respiratoire aigu sévère entre novembre 2002 et juillet 2003. Celle-ci a été éradiquée en quelques mois seulement, non sans avoir touché près de 8000 personnes et fait 800 victimes dans 26 pays. Comparer les épidémies de SRAS et de Covid-19 est particulièrement informatif si l’on considère que les deux virus qui en sont à l’origine présentent de nombreux caractères communs et qu’ils sont assez proches génétiquement. Mais les mesures qui avaient permis d’endiguer l’épidémie de SRAS – détection précoce et isolement des cas, mise en quarantaine des contacts, distanciation sociale et dans certains cas quarantaine collective – se sont avérées insuffisantes à ce jour pour contrôler la circulation du nouveau coronavirus. SRAS et Covid-19 deux différences majeures Au moins deux facteurs importants distinguent les épidémies de SRAS et de Covid-19. Dans le cas du SRAS, l’excrétion du virus par les personnes infectées, essentielle à sa transmission, suivait l’apparition des signes cliniques. Cette caractéristique a permis d’identifier et d’isoler rapidement les malades fièvre, syndromes respiratoires et de mettre en quarantaine les personnes avec lesquelles ils étaient entrés en contact, avant qu’ils ne transmettent le virus. À l’opposé, pour le Covid-19, l’excrétion virale pourrait précéder l’apparition des symptômes, rendant la transmission possible avant même que les malades ne soient identifiés et donc isolés. Par ailleurs, si des formes cliniques peu sévères et l’existence de porteurs sains ont été rapportées lors de l’épidémie de SRAS, il semblerait que ces personnes n’aient pas transmis le virus de façon significative. Dans le cas du Covid-19, les sujets non symptomatiques, en phase d’incubation ou peu symptomatiques – dans des proportions qui restent encore à préciser – pourraient transmettre le virus. Détecter les porteurs peu ou non symptomatiques Les porteurs silencieux-contagieux sont difficiles à identifier hors de campagnes massives de dépistage. Cependant, ils pourraient introduire le virus dans les populations indemnes et contribuer à la dissémination silencieuse du virus en phase épidémique. Les tests virologiques appelés tests directs utilisés pour identifier les porteurs du virus reposent actuellement sur des prélèvements réalisés dans le nez à l’aide d’un écouvillon. Les échantillons sont traités afin d’extraire et de détecter le génome viral, constitué d’un ARN simple brin. Cet ARN est ensuite utilisé pour obtenir l’ADN correspondant, grâce à une enzyme qui produit de l’ADN à partir d’ARN. Cet ADN est ensuite amplifié grâce à une autre enzyme par PCR – Polymerase Chain Reaction. À lire aussi Covid-19 comment fonctionnent les tests et quelles sont leurs utilités ? Cette technique, appelée RT-PCR Reverse Transcription PCR, est remarquablement sensible. Néanmoins, le résultat de cette analyse peut être négatif pour plusieurs raisons. Le sujet peut ne pas être infecté il s’agit dans ce cas d’un vrai résultat négatif. Mais il peut aussi arriver que des faux négatifs soient obtenus, alors que la personne testée est bien infectée. En effet, il se peut que le prélèvement et/ou la RT-PCR ne soient pas réalisés de façon optimale. Autre possibilité le sujet est effectivement infecté, cependant le virus n’est que peu ou pas présent dans le nez au moment du prélèvement, mais se trouve à ce moment dans d’autres sites anatomiques, tels que les selles ou le sang. Cette situation est envisageable si le virus migre dans l’organisme à mesure que l’infection évolue, par exemple. Il semblerait que, pour le coronavirus SARS-CoV-2, ce cas de figure s’applique. En effet, si le cycle biologique du virus débute et se déroule pour partie dans les voies respiratoires supérieures et inférieures – les poumons notamment –, plusieurs études ont aussi détecté des traces du virus dans le sang et, surtout, dans les selles. La présence de virus dans le tube digestif est compatible avec la description de troubles gastro-intestinaux durant la maladie chez certains patients. Cette découverte pose bien entendu la question d’une possible transmission par voie fécale, non formellement établie à ce jour. Mais elle a d’autres implications. En l’absence d’un dépistage systématique, massif et répété, pour identifier les porteurs du virus, il est urgent de proposer d’autres indicateurs fiables qui permettraient d’évaluer aussi précocement que possible l’entrée et le niveau de circulation du virus dans les populations. Pour être déployés à l’échelle mondiale, y compris dans les pays à faibles revenus, ces indicateurs doivent être faciles à mettre en place, éthiquement acceptables et financièrement soutenables. Des tests menés sur les eaux usées pourraient correspondre à ces critères. Le virus détectable dans les eaux usées La détection du coronavirus dans les selles a incité plusieurs groupes à travers le monde à promouvoir l’analyse des eaux usées pour évaluer sa circulation dans les populations. Les eaux usées correspondent en effet à l’ensemble des eaux issues des habitations et des équipements publics urbains hôpitaux, écoles… ainsi que de certaines industries si elles ne nécessitent pas de traitement spécifique. Ces eaux sont acheminées, via le tout à l’égout », vers les stations d’épuration ; elles y sont traitées puis rejetées dans l’environnement. Certains réseaux sont dits unitaires » – les eaux pluviales et les eaux usées sont mélangées – tandis que d’autres sont séparatifs » – eaux pluviales et eaux usées ont chacune leur propre réseau. Il arrive que lors d’évènements climatiques exceptionnels pluies abondantes ou orages violents, certains réseaux débordent et entraînent une dégradation du milieu, qui peut-être non seulement chimique, mais aussi microbiologique. Il est néanmoins essentiel de rappeler ici que les réseaux d’eaux usées et d’eaux non potables sont totalement distincts des réseaux de distribution d’eau potable, dont la qualité microbiologique et chimique est étroitement surveillée. Du prélèvement de l’eau qui sera distribuée à l’évacuation des eaux usées, en vue de leur traitement puis de leur rejet, les différentes étapes du petit cycle de l’eau ». EauFrance Une spécificité parisienne, bien connue, concerne la présence d’un réseau d’eau dit non potable » dont le rôle est de permettre le nettoyage de la chaussée, des égouts ou le remplissage de différents lacs ornementaux. Ce réseau est directement alimenté par de l’eau de surface puisée dans le canal de l’Ourcq ou la Seine, une eau non potable dans laquelle des traces d’ARN viral ont récemment été détectées, en très faible quantité toutefois. Selon leur taille, les stations d’épuration peuvent collecter les selles de quelques centaines à plusieurs millions de personnes ; par conséquent, les eaux usées qui en sont issues reflètent partiellement la diversité des micro-organismes hébergés dans nos intestins, à l’échelle d’une agglomération. De premiers résultats de recherche Une première étude, réalisée par Gertjan Medema et ses collaborateurs aux Pays-Bas, a démontré que le génome du coronavirus peut être détecté dans plusieurs sites de prélèvement d’eaux usées quelques jours seulement après l’identification du premier cas humain de Covid-19 dans ce pays. Une étude similaire a été conduite dans le Massachusetts USA. L’étude initiée depuis le 5 mars 2020 en région Ile-de-France, sur 3 sites de prélèvement d’eaux usées, confirme cette hypothèse. Elle démontre également, pour la première fois, que les quantités de génomes viraux détectés dans les eaux usées augmentent en phase avec le nombre d’hospitalisations liées au Covid-19 au niveau régional. Des résultats préliminaires obtenus plus récemment encore sur les mêmes sites montrent une réduction très significative de la charge virale dans les eaux usées, une conséquence attendue des mesures de confinement sur la circulation du virus. Ces résultats nous incitent aujourd’hui à proposer une surveillance régulière des eaux usées. Ce que le macrobiote collectif » pourrait nous dire Si l’enrichissement des eaux usées en coronavirus est dû à des porteurs peu ou pas symptomatiques – les plus nombreux – la recherche régulière et systématique du virus sur ces échantillons pourrait permettre d’exercer une veille essentielle et complémentaire des approches épidémiologiques chez l’être humain comptage des cas symptomatiques – confirmés ou supposés – et recherche du virus chez les sujets malades et leurs contacts notamment par RT-PCR. Cette stratégie pourrait être implémentée dans un plan de lutte intégré contre l’épidémie. Elle pourrait notamment être déployée en priorité dans les régions – en France comme à l’étranger – dans lesquelles la prévalence du virus est encore très faible peu de cas rapportés voire nulle, en complément des études épidémiologiques conduites chez les populations. Elle pourrait également nous informer d’une modification dans la dynamique de circulation du virus réduction de la circulation liée au confinement par exemple, reprise de l’épidémie – souvent désignée comme une deuxième vague » – signal de réintroduction dans une région ou l’épidémie semblait sous contrôle, pour ne citer que quelques exemples. À terme, la situation actuelle et les recherches en cours soulignent l’urgence d’un réseau national de surveillance des eaux usées dont le bénéfice pourrait être évalué à l’occasion du suivi de l’épidémie en cours participation à la stratégie de déconfinement et appréhension d’une éventuelle seconde vague notamment, et plus généralement dans le suivi de tous les germes à circulation fécale – virus des gastro-entérites hivernales, bactéries multirésistantes aux antibiotiques, etc. Les acteurs en charge de l’assainissement en France sont d’ores et déjà organisés pour suivre la qualité des effluents alimentant leurs installations. Cette organisation permettrait d’utiliser les installations existantes pour mettre en place un suivi très rapidement. Enfin, nous pourrions ainsi imaginer, dans un futur proche, utiliser les eaux usées pour évaluer la santé d’un macrobiote collectif » qui ferait écho aux microbiotes intestinaux individuels, dont l’importance en santé humaine n’est aujourd’hui plus à démontrer. Sébastien Wurtzer Eau de Paris, Jean‑Marie Mouchel Sorbonne Université, Rémy Teyssou Institut de recherche biomédicale des armées, Yvon Maday Sorbonne Université, co-fondateur de l’initiative Covid-IA, Vincent Rocher SIAAP et Laurent Moulin Eau de Paris sont co-auteurs de cet article. Vincent Marechal, Professeur de virologie, Centre de Recherche Saint Antoine Inserm, Sorbonne Université Cet article est republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons. Lire l’article original. © Info Chrétienne - Courte reproduction partielle autorisée suivie d'un lien "Lire la suite" vers cette page. 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résultat compatible avec une excrétion virale significative
